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molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
[版面:制药][首篇作者:abasin] , 2019年01月03日13:12:38 ,2099次阅读,20次回复
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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏吗?
关键字: CADD,molecular modeling
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan  3 13:12:38 2019, 美东)

本人在molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,PhD + Postdoc,熟悉这个领域
的各种tricks(QM, MD, QM/MM, docking, QSAR,...),相关软件以及Python编程,也有
一些文章发表,接下来想转制药还有戏吗?

请各位前辈不吝赐教
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caozheng
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发信人: caozheng (zheng), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jan 26 01:33:09 2019, 美东)

药厂模拟招的都是pk模拟,和系统模拟,最后面试要有一个比较完整的story, 你缺的
就是一个project, 能发一篇相关的文章,挂名的都行,最后能把整个project
presentation 做好就行了。如果还能做博后去找个相关实验室做一两年博后就行,要
是再加一篇文章,至少能让你有个面试,offer就要看你的发挥和实际水平了
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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 28 12:03:39 2019, 美东)

谢谢指点🙏!确实,我发现招pk/pd以及ADMET预测的很多。我以后得多看看这
方面的东西。Computational chemistry方面我倒是有一片JCIM的文章,是与有机合成
的同学一起做的,我做计算他们做合成测试,效果还不错,发现一些5-HT1A受体相关的
高选择性高活性激动剂。不知道药厂这方面的位置有没有。


【 在 caozheng (zheng) 的大作中提到: 】
: 药厂模拟招的都是pk模拟,和系统模拟,最后面试要有一个比较完整的story, 你缺的
: 就是一个project, 能发一篇相关的文章,挂名的都行,最后能把整个project
: presentation 做好就行了。如果还能做博后去找个相关实验室做一两年博后就行,要
: 是再加一篇文章,至少能让你有个面试,offer就要看你的发挥和实际水平了



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caozheng
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发信人: caozheng (zheng), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 30 01:39:04 2019, 美东)


【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 谢谢指点🙏!确实,我发现招pk/pd以及ADMET预测的很多。我以后得多看看这
: 方面的东西。Computational chemistry方面我倒是有一片JCIM的文章,是与有机合成
: 的同学一起做的,我做计算他们做合成测试,效果还不错,发现一些5-HT1A受体相关的
: 高选择性高活性激动剂。不知道药厂这方面的位置有没有。

还有就是刷题转马工了,python目前最流行

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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb  6 14:25:24 2019, 美东)

谢谢!也在看data science相关的,我做过一些machine learning,Python编程还可以

【 在 caozheng (zheng) 的大作中提到: 】
: 还有就是刷题转马工了,python目前最流行



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rainbowserie
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发信人: rainbowserie (彩虹系列), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb  8 01:29:04 2019, 美东)

有卡吗? 如果有卡的话可以先找个小公司干干,积累点相关的经验再跳。

这个领域基本属于已经死掉的领域,属于大家都极力回避的方向。现在各大公司小分子
药research这块外包很厉害,大分子药research基本不用MD simulation。如果没有相
关的经验,PKPD这块估计你也很难挤进去。这块大部分人都是药学院的博士,很多博士
期间就有实习。你看着感觉东西比较像,其实差别不小。想挤进那个圈子,花的时间还
不如刷题转码呢。

有身份的话可以先靠一个小公司,然后业余时间多刷刷题进一个tech公司,以后发展前
景广阔的多。

【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 本人在molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,PhD + Postdoc,熟悉这个领域
: 的各种tricks(QM, MD, QM/MM, docking, QSAR,...),相关软件以及Python编程,也有
: 一些文章发表,接下来想转制药还有戏吗?
: 请各位前辈不吝赐教



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ebblood
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发信人: ebblood (chris), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb  8 13:06:58 2019, 美东)

建议都准备着,加强自己,

也和楼上的经验差不多,药厂pkpd modeling 是不错,但这个圈子有个现象,盲目迷信
一些学校和教授的学生,把大多数能人都排除在外,无论你有多优秀。极大的信息和机
会不对称,或者说白点,他们也根本不需要什么data science 或者牛逼coding 技能,
都是老套,标准的东西。 你自己做的东西也许牛逼,they do not buy that.
我的认识也不一定对,你可以多试试,遇到open minded 的人也有可能,但极大可能是
得到某个学校组里去做一段时间才会有机会/

其实healthcare, 药厂有很多数据分享的,比如info system ,operation data ,rwd
更多的用到你的技术,或者直接去做广义的data science,那就机会多多了,不过不
知道你去别的行业会不会觉得失落。
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shizhuang
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发信人: shizhuang (), 信区: Pharmaceutical
标  题: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb  8 15:07:05 2019, 美东)

有意向回国到高校发展吗?

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BenZ1227
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发信人: BenZ1227 (), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb  8 19:03:21 2019, 美东)

跟楼主背景相似,我博士期间甚至是纯MD,找工作难度堪比登天,有过三个机会,一个
是Genentech,一个是IBM Watson,两个职位都是做MD的,第三个机会是纽约的
Schrodinger, 楼主的背景,更适合纽约的薛定谔,可以一试。

除此之外,药厂招的modeling全美屈指可数,Genentech有MD的组,但是基本上一个萝
卜一个坑,一共也就三四个人。Eli Lily偶尔会抛出一些机会。

总体来说,工业界除了薛定谔这种专门开发模拟软件的公司,其他的公司招模拟总共也
就那么几个职位,而这么几个职位中,可能碰到的竞争对手有大牛组的博士博后,想要
出头,非常有难度。


【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 本人在molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,PhD + Postdoc,熟悉这个领域
: 的各种tricks(QM, MD, QM/MM, docking, QSAR,...),相关软件以及Python编程,也有
: 一些文章发表,接下来想转制药还有戏吗?
: 请各位前辈不吝赐教




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☆ 发自 iPhone 买买提 1.24.09
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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb  9 12:02:54 2019, 美东)

谢谢分享!确实发现有很多有药厂背景的人都不相信模拟或者虚拟筛选出来的结果。目
前还没有卡。。。

【 在 rainbowserie (彩虹系列) 的大作中提到: 】
: 有卡吗? 如果有卡的话可以先找个小公司干干,积累点相关的经验再跳。
: 这个领域基本属于已经死掉的领域,属于大家都极力回避的方向。现在各大公司小分子
: 药research这块外包很厉害,大分子药research基本不用MD simulation。如果没有相
: 关的经验,PKPD这块估计你也很难挤进去。这块大部分人都是药学院的博士,很多博士
: 期间就有实习。你看着感觉东西比较像,其实差别不小。想挤进那个圈子,花的时间还
: 不如刷题转码呢。
: 有身份的话可以先靠一个小公司,然后业余时间多刷刷题进一个tech公司,以后发展前
: 景广阔的多。



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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb  9 12:08:31 2019, 美东)

看了一下data science,不但职位多而且工资还高很多。。。确实像你说的,如果彻底
转行了也有点不甘心啊,就像手里握着屠龙刀,没有龙可以屠,只能去杀猪宰牛的感觉


【 在 ebblood (chris) 的大作中提到: 】
: 建议都准备着,加强自己,
: 也和楼上的经验差不多,药厂pkpd modeling 是不错,但这个圈子有个现象,盲目迷信
: 一些学校和教授的学生,把大多数能人都排除在外,无论你有多优秀。极大的信息和机
: 会不对称,或者说白点,他们也根本不需要什么data science 或者牛逼coding 技能,
: 都是老套,标准的东西。 你自己做的东西也许牛逼,they do not buy that.
: 我的认识也不一定对,你可以多试试,遇到open minded 的人也有可能,但极大可能是
: 得到某个学校组里去做一段时间才会有机会/
: 其实healthcare, 药厂有很多数据分享的,比如info system ,operation data ,
rwd
:  更多的用到你的技术,或者直接去做广义的data science,那就机会多多了,不过不
: 知道你去别的行业会不会觉得失落。



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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制�
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb  9 12:10:06 2019, 美东)

娃太小了,暂时没有打算回国

【 在 shizhuang () 的大作中提到: 】
: 有意向回国到高校发展吗?



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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb  9 12:12:34 2019, 美东)

确实是这样的,Schrodinger近期没有合适的职位。前辈后来做什么了?


【 在 BenZ1227 () 的大作中提到: 】
: 跟楼主背景相似,我博士期间甚至是纯MD,找工作难度堪比登天,有过三个机会,一个
: 是Genentech,一个是IBM Watson,两个职位都是做MD的,第三个机会是纽约的
: Schrodinger, 楼主的背景,更适合纽约的薛定谔,可以一试。
: 除此之外,药厂招的modeling全美屈指可数,Genentech有MD的组,但是基本上一个萝
: 卜一个坑,一共也就三四个人。Eli Lily偶尔会抛出一些机会。
: 总体来说,工业界除了薛定谔这种专门开发模拟软件的公司,其他的公司招模拟总共也
: 就那么几个职位,而这么几个职位中,可能碰到的竞争对手有大牛组的博士博后,想要
: 出头,非常有难度。



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rainbowserie
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发信人: rainbowserie (彩虹系列), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb  9 12:50:36 2019, 美东)

看到这个忍不住说几句,你太把自己当回事了。你这个完全够不上屠龙刀的水准,至多
也就是江湖上已经淘汰了的二三流帮派武功。我本科做过这个,现在回想起来,这玩意
完全是一个时代的产物,想想你自己会什么?数学统计比得上统计PhD吗?机器学习比
得上cs专业的本科硕士吗?就算是理论物理推公式建模型,你比得过那些理论物理科班
出身的博士吗?药学这块,这些傻逼论文的作者有哪个真正了解药物机理以及药物开发
的流程?有几个真正去做过实验,还不是一拍脑袋想出来的。各种模型转来转去就是那
些破玩意,几个大佬还各种互相瞧不上。。。

Genentech里面的那个搞MD的组很边缘化,道理很简单,从建那个组开始十年了,啥也
没做出来,就是连一个phase 2的药都没有,体制僵化,知识陈旧。那东西最多也就搞
搞research发发文章罢了,即使是诺奖实验室出来的照样很多人只能回国骗钱。

最后还说一句,别以为转data science说转就转。去一线的公司bar非常的高。你没卡
的话还要面临身份签证的问题,想想你需要和cs,统计,运筹,EE以及经济学工科的
PhD竞争,你的优势在哪儿?

纯粹是作为领域外的人虽然说两句。之前在某大药厂工作接触了一些这块的人,有感而
发。

【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 看了一下data science,不但职位多而且工资还高很多。。。确实像你说的,如果彻底
: 转行了也有点不甘心啊,就像手里握着屠龙刀,没有龙可以屠,只能去杀猪宰牛的感觉
: rwd



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UNER
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发信人: UNER (UNER), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Feb 10 11:41:17 2019, 美东)

楼上正解,其实屠龙刀的定义是你真正用它屠过龙。扪心自问,CADD这么多年,哪个人
用它开发过面世的药物?从这个意义上说,实用性和贡献连 pk/pd 都不如。

还是那句话,
放下屠刀,立地成佛。
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abasin
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发信人: abasin (偷着乐), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 11 11:36:16 2019, 美东)

哈哈哈 大侠说的很对。我这也是自嘲一下,屠龙刀的龙需要加引号。就像现实中没有
龙,也并没有可以真正用来杀龙的刀一样,目前这个CADD是个火坑专业,发文章还可以
,在现实中应用不大。学了这么多年找工作的时候发现没什么用处。。。就像好不容拿
到了一把所谓的可以杀龙的刀,发现现实中并没有龙可以杀的感觉一样。

你说的也有点偏激,主要针对MD。其实CADD下面还有很多,比如QM,molecular
docking, virtual screening, QSAS等。这些技术在现实应用中各自有各自的问题,有
的受制于算法、有的受制于硬件,同时也有各自的长处。其实用的好的话还是能够缩简
drug discovery的成本的。这个领域做的比较好的公司是这个初创公司 https://www.
nimbustx.com/pipeline/ 有一个项目已经卖给GILEAD了,卖了$400m, 如果完全不靠
谱的话,恐怕没有人愿意花这么多钱买。

时间和事物是发展的,感觉这个专业以后应该还是可以的(估计到我退休之后了 哈哈
),因为这种建模的方法是有物理学和统计热力学基础的,它的每个feature是可以解
释的,不是black box。随着计算机的发展,这些方法发展也很快,就像MD,10年前,
只能模拟几万个原子,几十纳秒,现在可以模拟几十万个原子,几个毫秒,当然这跟现
实还差很远。再过几个10年,能模拟到几十分钟几个小时就有意义了。目前,它的长处
是做sampling算自由能,拿它去筛选药物或者研究药物代谢恐怕是不行,那分别是
virtual screening和QM/QSAR所擅长的。。。

唉,不说了,现在的问题是挣钱养家,以后我退休了或者有钱了,我还是会开公司做这
一块的 哈哈哈



【 在 rainbowserie (彩虹系列) 的大作中提到: 】
: 看到这个忍不住说几句,你太把自己当回事了。你这个完全够不上屠龙刀的水准,至多
: 也就是江湖上已经淘汰了的二三流帮派武功。我本科做过这个,现在回想起来,这玩意
: 完全是一个时代的产物,想想你自己会什么?数学统计比得上统计PhD吗?机器学习比
: 得上cs专业的本科硕士吗?就算是理论物理推公式建模型,你比得过那些理论物理科班
: 出身的博士吗?药学这块,这些傻逼论文的作者有哪个真正了解药物机理以及药物开发
: 的流程?有几个真正去做过实验,还不是一拍脑袋想出来的。各种模型转来转去就是那
: 些破玩意,几个大佬还各种互相瞧不上。。。
: Genentech里面的那个搞MD的组很边缘化,道理很简单,从建那个组开始十年了,啥也
: 没做出来,就是连一个phase 2的药都没有,体制僵化,知识陈旧。那东西最多也就搞
: 搞research发发文章罢了,即使是诺奖实验室出来的照样很多人只能回国骗钱。
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zg14
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发信人: zg14 (zg14), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 11 12:23:47 2019, 美东)

赞楼主的发帖 楼上讨论的都很有见地

楼上大侠和其他业内专家在下面这个帖子里的相关讨论也很有启发性
http://mitbbs.com/article_t/JobHunting/33461661.html

其实很多人呆在这个领域 可能大部分是有侥幸心里和机会主义
也许万一哪天能开创个新方法 开个公司圈大钱 带来个小革命 像打印机一样往出喷药
。。

但细想一下 不对 我们做的这些东西已经有比我们牛很多的人做了几十年 也没做出来
什么。。除了AI和硬件进步 我们有什么新东西?

对个人来说 碰上机遇的概率有多大?。。


【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 哈哈哈 大侠说的很对。我这也是自嘲一下,屠龙刀的龙需要加引号。就像现实中没有
: 龙,也并没有可以真正用来杀龙的刀一样,目前这个CADD是个火坑专业,发文章还可以
: ,在现实中应用不大。学了这么多年找工作的时候发现没什么用处。。。就像好不容拿
: 到了一把所谓的可以杀龙的刀,发现现实中并没有龙可以杀的感觉一样。
: 你说的也有点偏激,主要针对MD。其实CADD下面还有很多,比如QM,molecular
: docking, virtual screening, QSAS等。这些技术在现实应用中各自有各自的问题,有
: 的受制于算法、有的受制于硬件,同时也有各自的长处。其实用的好的话还是能够缩简
: drug discovery的成本的。这个领域做的比较好的公司是这个初创公司 https://www.
: nimbustx.com/pipeline/ 有一个项目已经卖给GILEAD了,卖了$400m, 如果完全不靠
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rainbowserie
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发信人: rainbowserie (彩虹系列), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 14 14:52:02 2019, 美东)

我觉得你应该是被洗脑了,这个东西absolutely不可能有大发展。因为这行绝大部分的
进展都来自于其他领域,你估计是不懂计算机硬件,软件的,也不懂如何design并行算
法,如果玩machine learning model。其实你是没有什么核心竞争力的。

这行诺奖的实验室出来的人 (其实诺奖本人中的一个我也认识)。没感觉那些人出路
好到哪里去。说实话我也没感觉诺奖本人的水平真的很高。吹牛的能力倒是一绝。作为
学数学统计的人,我最反感那帮一辈子只对着一个模型混饭吃的人。当然诺奖的颁发争
议也很大,毕竟因为再药厂工作过的关系认识不少诺奖的博士博后,有些话就不想多说
了。

其实如果你不是诺奖或者行业内top实验室出来的人,以后即使这行起来了,你也很难
分到一杯羹。 而且一个公司卖个400m 根本不应该有什么。Tech行业动不动就是
billion dollar的收购,大家心态不也平和的很:)

【 在 abasin (偷着乐) 的大作中提到: 】
: 哈哈哈 大侠说的很对。我这也是自嘲一下,屠龙刀的龙需要加引号。就像现实中没有
: 龙,也并没有可以真正用来杀龙的刀一样,目前这个CADD是个火坑专业,发文章还可以
: ,在现实中应用不大。学了这么多年找工作的时候发现没什么用处。。。就像好不容拿
: 到了一把所谓的可以杀龙的刀,发现现实中并没有龙可以杀的感觉一样。
: 你说的也有点偏激,主要针对MD。其实CADD下面还有很多,比如QM,molecular
: docking, virtual screening, QSAS等。这些技术在现实应用中各自有各自的问题,有
: 的受制于算法、有的受制于硬件,同时也有各自的长处。其实用的好的话还是能够缩简
: drug discovery的成本的。这个领域做的比较好的公司是这个初创公司 https://www.
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: 谱的话,恐怕没有人愿意花这么多钱买。
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femton
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发信人: femton (GO), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr  2 17:30:18 2019, 美东)

请教大牛,在可见的将来, 比如十年内,会不会有一些更新的计算机/信息技术大规模
应用在药物开发领域、较大规模地改变biomedical industry? 纯好奇

【 在 rainbowserie (彩虹系列) 的大作中提到: 】
: 我觉得你应该是被洗脑了,这个东西absolutely不可能有大发展。因为这行绝大部分的
: 进展都来自于其他领域,你估计是不懂计算机硬件,软件的,也不懂如何design并行算
: 法,如果玩machine learning model。其实你是没有什么核心竞争力的。
: 这行诺奖的实验室出来的人 (其实诺奖本人中的一个我也认识)。没感觉那些人出路
: 好到哪里去。说实话我也没感觉诺奖本人的水平真的很高。吹牛的能力倒是一绝。作为
: 学数学统计的人,我最反感那帮一辈子只对着一个模型混饭吃的人。当然诺奖的颁发争
: 议也很大,毕竟因为再药厂工作过的关系认识不少诺奖的博士博后,有些话就不想多说
: 了。
: 其实如果你不是诺奖或者行业内top实验室出来的人,以后即使这行起来了,你也很难
: 分到一杯羹。 而且一个公司卖个400m 根本不应该有什么。Tech行业动不动就是
: ...................



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Noahgen
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发信人: Noahgen (), 信区: Pharmaceutical
标  题: Re: molecular modeling (CADD)火坑专业混迹多年,想转制药还有戏
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr  3 12:20:45 2019, 美东)

生物这东西还得靠试验,大通量的筛选。现在有很多高效率的筛选平台, CAAD是和
WETLAB 竞争的。
抗体的结构研究已经很多了,但是谁能用CAAD设计出一个抗HIV的抗体?
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